Inhoud

• Software overzicht
• Ondersteunde bestandstypen
• Primaire bestandsextensie
• Andere bestandsextensies die worden gebruikt door Integrated Genome Browser 9

Versie (vanaf 29/06/2016)	9
platforms
Licentie	Open source
Categorie	Wetenschappelijk

Meer info (bezoek de website van de uitgever)

Beoordeling: 2.8 / 5 (6 stemmen)

Software overzicht

Hoofdfuncties

• Ondersteunt verschillende genoomformaten zoals GenBank en FASTA
• Interactie met gegevens met animaties voor zoomen en pannen
• Toegang en laden van genomen van QuickLoad-sites
• Transformeer gegevens in verschillende grafiekvormen
• Deel gegevens met medewerkers via Dropbox
• Installeer plug-ins voor extra functionaliteit

Integrated Genome Browser (IGB) is een open source-programma dat wordt gebruikt om grote genomische datasets te bekijken en te verkennen. U kunt verschillende gegevensindelingen bekijken, communiceren met uw gegevens, grafieken maken, uw informatie opslaan als afbeeldingen en uw gegevens delen met bijdragers.

Met IGB kunt u gegevens van annotaties en uitgelijnde reeksen bekijken. Het programma ondersteunt verschillende formaten, zoals FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband en GenBank. U kunt gegevens opnemen en deze omzetten in verschillende grafiekvormen, inclusief mismatchgrafieken voor het benadrukken van gegevensverschillen en dieptegrafieken voor het weergeven van de dekking. U kunt ook communiceren met uw gegevens via de animaties voor zoomen en pannen van IGB.

IGB stelt u in staat om genomen te openen en te laden van QuickLoad-sites. Dit zijn eenvoudige systemen van mappen, reeksen en andere gegevensbestanden voor visualisatiedoeleinden. IGB biedt geavanceerde functionaliteit met ondersteuning voor plug-ins om functionaliteit en werkstroomautomatisering toe te voegen door het gebruik van scripts. IGB biedt u ook geavanceerde functies voor het delen van uw gegevens, ongeacht of deze worden gepubliceerd als JPEG-, PNG- of SVG-afbeelding van hoge kwaliteit of als opslag in Dropbox om uw bijdragers toegang te geven tot uw project.

IGB wordt voornamelijk gebruikt door universitaire onderzoekers, biologen en bioinformatici. Het biedt geavanceerde hulpmiddelen voor het openen van verschillende genoomgegevensformaten, het visualiseren van gegevens als verschillende grafieken en het delen van gegevens met medewerkers. Helaas vertrouwt het programma op subsidies voor voortdurende ontwikkeling, wat betekent dat de ondersteuning voor de toepassing op elk moment kan stoppen. Integrated Genome Browser is echter nog steeds een geschikt, aanpasbaar programma voor gebruikers die hun genoomgegevens willen onderzoeken en analyseren.

Ondersteunde bestandstypen

Primaire bestandsextensie

.XML - XML-bestand

Andere bestandsextensies die worden gebruikt door Integrated Genome Browser 9

Ondersteunde bestandstypen
.BED	UCSC BED Annotation Track-bestand
.DAS	DeltaMaster Analysis Session
.FA	FASTA geformatteerd sequentiedossier
.FAS	FASTA Sequence-bestand
.FASTA	FASTA Sequence-bestand
.NL	GenBank-gegevensbestand
.SGR	SGR Genome Data File
.USEQ	USeq Genome Data File